圆通禅院为广佑寺附属殿宇，占地面积3000平方米，建筑面积1350平方米，大殿为五开间歇山单檐式仿古建筑，通高17米。殿额牌匾“圆通禅院”为全国著名书法家启功所题。
殿内中央置千手千眼观音菩萨坐像，通高6.2米。坐像左、右前方为善财童子和龙女二立像。殿内东、西两侧1.2米高的须弥座上，对称排列观音为教化众生而变化的32个人物形象，称“三十二应身”。2002年8月27日，香港佛教协会副会长永惺法师将其珍藏的两枚佛骨舍利赠予广佑寺，供奉于圆通禅院内，此举更为广佑寺增添了丰富的佛教内涵。
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